Após um hiato de um ano, Shinpachi Shimura retorna a Edo, apenas para tropeçar em uma surpresa chocante: Gintoki e Kagura, seus companheiros membros de Yorozuya, se tornaram personagens completamente diferentes! Fugindo da sede de Yorozuya em confusão, Shinpachi descobre que todos os habitantes de Edo passaram por mudanças impossivelmente extremas, tanto na aparência quanto na personalidade. O mais inacreditável é que sua irmã Otae se casou com o chefe Shinsengumi e perseguidor sem vergonha Isao Kondou e está grávida de seu primeiro filho. Confuso, Shinpachi concorda em se juntar ao Shinsengumi a pedido de Otae e Kondou e encontra transformações ainda mais surpreendentes em andamento tanto dentro quanto fora das fileiras da organização. No entanto, descobrindo que o vice-chefe Toushirou Hijikata permaneceu inalterado, Shinpachi e seu improvável aliado Shinsengumi decidiram devolver a cidade de Edo à forma como eles se lembram dela. Com ainda mais piadas sujas, paródias irônicas e referências sem vergonha, Gintama' segue a equipe Yorozuya por mais de suas desventuras no mundo vibrante e cheio de alienígenas de Edo.