Quando Gintoki apreende um pirata de cinema em uma estreia, ele verifica a filmagem da câmara e se vê transportado para uma versão pós-apocalíptica de Edo, onde uma epidemia misteriosa chamada "Peste Branca" assola a população mundial. Acontece que o filme pirata não era um pirata, afinal - era uma máquina do tempo androide, e Gintoki foi lançado cinco anos no futuro! Shinpachi e Kagura, seus companheiros Yorozuya, tiveram uma briga e agora são vigilantes solitários endurecidos pela batalha e ele próprio está desaparecido há anos, desaparecendo sem deixar vestígios depois de rabiscar uma mensagem estranha em seu diário. Partindo no disfarce dado a ele pela máquina do tempo androide, Gintoki aleatoriamente reúne a equipe de Yorozuya para investigar a Peste Branca, e logo descobre que a chave para salvar o futuro está na escuridão de seu próprio passado. Determinado a enfrentar um inimigo poderoso, ele faz uma descoberta importante - com um bando desordenado de amigos e aliados ao seu lado, ele não precisa lutar sozinho.