Lost Universe é uma série sobre a luta entre a Luz e a Escuridão num universo alternativo que tem lugar na realidade geral. Uma civilização antiga produziu embarcações de guerra, conhecida pela civilização atual como Naves Perdidas. Estas naves são atualmente formas de vida sensíveis, cujo único objetivo é irem para a guerra e destruírem-se umas às outras. Como fonte de energia, estas naves usam a "Psico-Energia" dos humanos, que é a energia que os humanos libertam através das emoções. Os Mestres das Naves Perdidas só duram tanto tempo, porque algumas destas naves são maliciosas e aprisionam os seus mestres para lhes retirarem a Psico-Energia. Na série, a nave da Canal,a Sword Breaker,é a única Nave Perdida que não é "má", provavelmente porque ela representa a Luz, enquanto que o Nightmare representa a escuridão. Depois de alguns episódios na série para estabelecer personagens e essas coisas, o enredo finalmente se centra nesta luta entre o Bem e o Mal, mas também , este fato nunca é mencionado imediatamente. Kane Blueriver está numa missão de vingança pessoal contra o Nightmare e o Startgazer, devido à luta entre eles e a sua falecida avó, a quem ele tem um respeito enorme. A série progride quando Kane começa a confrontar estes inimigos e ao mesmo tempo os seus próprios medos de enfrentar Nightamare, porque ele sente-se impotente. Os planos de nightmare para espalhar pesadelos pelo universo, combinados coma a vingança de Kane contra o Nightmare conduzem este enredo, enquanto que a história das Naves Perdidas fornece um ambiente que faz com que um enredo aparentemente simples, se torne interessante. E depois, há sempre as personagens de apoio, como a Milly, que fazem com que a série fique completa, sem elas, Lost Universe - perderia todo o seu ambiente mágico, assim como a comédia e aventura.

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